一応弱点は全部確かめましたが、間違いがあるかもしれません。 ボスによってはバスターorチャージ＋↑で戦った方が楽かもしれません。

ワイリーを追え！
ボスの名前	入手武器	弱点武器
シャドーマン	シャドーブレード	ケンタウロスアロー
プラントマン	プラントバリア	アトミックファイヤー
ジャイロマン	ジャイロアタック	プラントバリア
ケンタウロスマン	ケンタウロスアロー	ジャイロアタック
バブルマン	バブルリード	シャドーブレード
ヒートマン	アトミックファイヤー	バブルリード
マッドグラインダー	-	ケンタウロスアロー
ワイリーマシン	-	バブルリード

ロールを救え！
ボスの名前	入手武器	弱点武器
カットマン	ローリングカッター	スラッシュクロー
ストーンマン	パワーストーン	クラッシュノイズ
シェードマン	クラッシュノイズ	ローリングカッター
エレキマン	サンダービーム	パワーストーン
ダイブマン	ダイブミサイル	サンダービーム
スラッシュマン	スラッシュクロー	ダイブミサイル
イエローデビル	-	サンダービーム
ワイリーマシン	-	スラッシュクロー

新パーツを取り戻せ！
ボスの名前	入手武器	弱点武器
ガッツマン	スーパーアーム	ナパームボム
ファラオマン	ファラオウェーブ	クイックブーメラン
エアーマン	エアシューター	スーパーアーム
クイックマン	クイックブーメラン	エアシューター
ジェミニマン	ジェミニレーザー	ファラオウェーブ
ナパームマン	ナパームボム	ジェミニレーザー
メカドラゴン	-	クイックブーメラン
ワイリーマシン	-	スーパーアーム