2003年に結成され、2004年1月に韓国で、2005年4月に日本でデビュー。
グループ名は「東方の神が起きる」という意味で名付けられたものであり、
アジアや世界に広く知られるグループになるようにという思いが込められている
公式のラテン文字表記は「TVXQ!」
これは「東方神起」の中国語読みをローマ字表記した「Tong Vfang Xien Qi」の頭字語から名付けられたものである。
日本では、これに代わり日本語読みのローマ字表記「Tohoshinki」が使われている。

メンバーはコーラス、アカペラ、ダンスをこなし、全員がメインボーカルを担当できる形式を採っている。
また、一部楽曲では作詞・作曲・編曲も手掛けている。

2005年4月にはSMの提携先であるエイベックスのレーベル「rhythm zone」から
日本語曲で正式に日本デビュー
J-POP歌手として継続的に活動するため、当時日本でブームとなっていた韓流からは距離を置いて活動をした。

日本での活動は、歌える環境が整っていないステージに立たされるなど、
デビュー後すぐにトップスターとなった韓国では経験してこなかった歌手としての地道な活動の連続に
メンバーらは戸惑いや苦々しさを感じていた。
それでも、「とにかく日本で実績を残してから韓国に帰らなければ」との思いを抱きながら、
その後も活動を進めた結果、徐々に知名度や人気が高まり、
2007年6月には日本武道館での2日連続公演を成功させ、翌2008年1月にはシングル「Purple Line」で
初めてオリコンチャートの1位を獲得するなどの成果を収めるようになっていった。

2008年末に自身初となる日本レコード大賞ノミネート（優秀作品賞受賞） NHK紅白歌合戦初出場
2009年3月　アルバム『The Secret Code』をリリース
東方神起の作品としては初めて日本レコード協会からプラチナ認定を受ける。
2009年7月、デビュー以来の目標であった東京ドーム公演を2日連続で開催し、これを成功させた。

人気も絶頂期、これからの活動がますます期待されるなか
2009年7月末にジュンス、ジェジュン、ユチョンの3人が過密スケジュールの強行
並びに専属契約内の契約期間や収益配分に関する規定の不当性を訴えて
SMとの専属契約の効力停止を求める仮処分をソウル中央地方法院に申し立てた。

2010年に入ると日本でも作品がリリースされるのみでグループとしての活動は行われなくなった。
そして、2010年4月3日、エイベックス側が日本でのグループ活動休止を発表し、
これをもって東方神起は活動全面休止に至った。

2010年2月にSMとの資本関係を解消していたエイベックス側は独自に
ジュンス、ジェジュン、ユチョンの3人と専属契約を結び
活動停止発表から2週間足らずの同年4月14日に3人によるユニット「JUNSU/JEJUNG/YUCHUN」の結成を発表した。
3人はそれぞれソロ活動を進めながら、
2010年6月には京セラドーム大阪と東京ドームで
ライブ「JUNSU/JEJUNG/YUCHUN THANKSGIVING LIVE IN DOME」を実施して20万人を動員した。

しかしその間に、3人のマネジメントを行っているC-JeSエンターテインメントの代表絡みで
企業倫理上問題ありと判断して、2010年9月16日、現状でのマネジメントの拒否とそれに伴うJJYの日本での活動休止を発表した。

2010年11月、SM側は結局、残されたユンホとチャンミンだけで東方神起の活動を再開することを表明。
同時に、一旦訴訟組に付いていたエイベックスもSMとの関係を再構築し
マネジメントには直接携わらずレコード会社として2人組となった東方神起の日本での活動を支援することを明らかにした。
そして2011年1月、東方神起は、韓国で5集『Keep Your Head Down』を
また日本で同タイトル曲の日本語版シングルを発表し、新たな活動を開始した。