オミックスデータの多変量解析 / エンリッチメント解析

• 多変量解析を用いたメタボロームデータ解析
  • 多変量解析を用いたメタボロームデータの可視化と、負荷量が解釈可能な手法の開発を行っています。( 詳しくはこちら )
    
  • これらの方法は、Rのloadingsパッケージ [loadings: Loadings for Principal Component Analysis and Partial Least Squares]で計算可能です。
    
• 多変量解析セミナー
  • 有償でのセミナーを行っています。 多変量解析入門【PC実習あり】(情報機構社) (2023.11.9-10) (過去の開催)
• エンリッチメント解析
  • パスウェイなどのデータベースとの関連を調べるための、エンリッチメント解析手法について研究しています。
  • エンリッチメント解析のためのRのパッケージmseapca[mseapca: Metabolite Set Enrichment Analysis for Loadings]をCRANで公開しています。
• 参考資料
  • 山本博之, "多変量解析，エンリッチメント解析，代謝マップ描画", メタボロミクス実践ガイド, 羊土社, 2021.[ link ]

質量分析インフォマティクス

• 質量分析インフォマティクス研究会
  • 年1回、研究会ワークショップ、ハッカソン、ソフトウェア講習会、IIBMPでのワークショップを行っています。
    
• Rで質量分析インフォマティクス
  
  • Rで質量分析データを処理するための技術資料です。少しずつ作成しているところです。完成はまだまだ先です。(作成中)
• 参考資料
  • 山本博之, メタボロミクスにおける「質量分析インフォマティクス」 医学のあゆみ、281(3), 283 - 290 (2022) [ link ]
  • 山本博之, 質量分析インフォマティクスとケモインフォマティクスによる代謝物構造推定, 技術情報協会 (2023) [ link ]

データベース統合解析

• メタボロームデータ統合解析手法
  • iDMET: network-based approach for integrating differential analysis of cancer metabolomics
• 参考資料
  • 山本博之, "メタボロームデータベースの構築の現状と創薬応用" in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術, 技術情報協会, 2018